Fakultas Syari’ah merupakan salah satu fakultas yang dimiliki IAIN Purwokerto, di samping Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan, Fakultas Dakwah, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, serta Fakultas Ushuluddin, Adab, dan Humaniora. Secara historis, berdirinya IAIN Purwokerto didahului serangkaian perkembangan dan perubahan nama institusi. Jauh sebelum menjadi STAIN Purwokerto, institusi ini pada mulanya merupakan Fakultas Tarbiyah Al-Djami’ah Sunan Kalijaga yang didirikan oleh Badan Wakaf Al-Djami’ah Sunan Kalijaga pada tanggal 10 Nopember 1962 dan diakte-notariskan pada tanggal 12 Desember 1962. Kemudian, dengan Keputusan Menteri Agama Nomor 68 Tahun 1964 Tanggal 9 September1964 Fakultas tersebut dinegerikan dan menginduk kepada IAIN Al-Djami’ah Al-Hukumiyah, yang kemudian hari berubah namanya menjadi IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Selanjutnya, atas dasar pertimbangan geografis dan efisiensi pembinaan teknis kewilayahan, berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 385 Tahun 1993, Nomor 394 Tahun 1993, dan Nomor 408 Tahun 1993, Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta di Purwokerto dilimpahkan dari IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta kepada IAIN Walisongo Semarang. Adapun serahterima pengindukan Fakultas Tarbiyah di Purwokerto dari IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta kepada IAIN Walisongo Semarang dilaksanakan pada tanggal 13 Desember 1994. Sejak saat itu Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Purwokerto berubah menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Purwokerto.

Kemudian, dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri tertanggal 21 Maret 1997, maka fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Purwokerto menjadi SEKOLAH TINGGI AGAMA ISLAM NEGERI (STAIN) PURWOKERTO, sebagai perguruan tinggi yang mandiri.

Perubahan status dari Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Purwokerto menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Purwokerto ini memberi otonomi dan peluang yang besar untuk meningkatkan kualitas dan mengembangkan potensi yang dimiliki STAIN sesuai kebutuhan masyarakat dan potensi civitas akademika dengan cara membuka Fakultas dan Program Studi baru. Setelah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri, Fakultas Tarbiyah yang telah ada sebelumnya berubah nama menjadi Fakultas Tarbiyah, dan kemudian STAIN Purwokerto membuka 2 Fakultas lagi yaitu Fakultas Syari’ah dan Fakultas Dakwah.

Fakultas Syariah (sekarang Fakultas Syari’ah dan Ekonomi Islam) dibuka di STAIN Purwokerto pada tahun 1997. Program Studi yang pertama kali diselenggarakan di Fakultas Syari’ah dan Ekonomi Islam adalah Program Studi Ahwal Al-Syakhshiyah (A.S) yang diselenggarakan pertama kalinya pada tanggal 21 Maret 1997, yang kemudian penyelenggaraan Program Studi Ahwal Al-Syakhshiyah tersebut ditetapkan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama R.I. Nomor DJ.11/119/2002 tertanggal 17 Juni 2002. Selanjutnya, dalam rangka pengembangan Program Studi dan peningkatan kualitas Sumber Daya Manusia di bidang ilmu Agama Islam dan khususnya di bidang ilmu Hukum Islam, pada tahun 1998 di Fakultas Syariah dibuka Program Studi Muamalah (sekarang Hukum Ekonomi Syari’ah) yang ditetapkan dengan Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor: E/115/1999 tertanggal 2 Juni 1999. Kemudian, seiring dengan eksisnya lembaga-lembaga keuangan syari’ah yang berkembang pesat di Indonesia dan dalam upaya mencerdaskan kehidupan bangsa dan meningkatkan kualitas sumber daya manusia Indonesia khususnya dalam bidang ilmu Ekonomi Islam, pada Tahun Akademik 2005/2006 Fakultas Syariah membuka membuka Konsentrasi Manajemen Perbankan Syariah (MPS) di bawah naungan Program Studi Muamalah. Kebijakan tersebut tertuang dalam SK Ketua STAIN Purwokerto Nomor 131 A tahun 2005. Selanjutnya, Konsentrasi Manajemen Perbankan Syariah (MPS) tersebut sejak Tahun Akademik 2007/2008 setelah dimintakan legalisasinya ke Departemen Agama R.I. beralih menjadi Program Studi Ekonomi Islam (searang Ekonomi Syari’ah) yang ditetapkan dengan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama R.I. Nomor Dj. I/220.C/2007 tertanggal 28 Mei 2007. Pada tahun 2007 Fakultas Syaria’h STAIN Purwokerto juga mendapatkan izin penyelenggaraan Program Diploma Tiga (D.III) Manajemen Perbankan Syari’ah yang ditetapkan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama R.I. Nomor Dj. I/178/2007 tertanggal 20 April 2007. Dengan demikian, hingga kini Fakultas Syariah STAIN Purwokerto telah memiliki Program Studi Ahwal Al-Syakhshiyah (A.S.), Program Studi Hukum Ekonomi Syari’ah (H.E.S.), Program Studi Ekonomi Syari’ah (E.S.), dan Program Diploma Tiga (D.III) Manajemen Perbankan Syariah (M.P.S.).

sebagai ajang intellectual exercise , Jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam STAIN Purwokerto menerbitkan Jurnal al-manahij pada tahun 2007. Jurnal ini memfokuskan pada kajian hukum islam dalam berbagai sudut pandang keilmuan. Jurnal al-manahij terakreditasi B denga SK Dirjen DIKTI No. 64 a/DIKTI/Kep/2010. Tahun 2013 , jurnal al-manahij kembali terakreditasi dengan SK Dirjen DIKTI Kemendikbud RI nomor: 40/P/2014.

Era baru perkembangan Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam lahir dengan dikeluarkan Peraturan Presiden Replubik Indonesia Nomor 139 Tahun 2014 Tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Purwokerto menjadi Institut Agama Islam Negeri Purwokerto. Seiring dengan alih status Kelembagaan dari STAIN Purwokerto menjadi IAIN Purwokerto Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam menjadi Fakultas Syari’ah.

Adapun Struktur pimpinan kelembagaan Fakultas Syariah terdiri dari Dekan , Wakil Dekan I , Wakil Dekan II, Wakil Dekan III , Ketua Jurusan ,Sekretaris Jurusan, dan Ketua Program Studi (Prodi). Untuk pengelolaan tata administrasi , di Fakultas Syariah terdapat seorang Kepala Bagian (Kabag) dan dua orang Kepala Sub Bagian (Kasubbag) yaitu Kasubbag Administrasi Umum dan Keuangan dan kasubbag Akademik , Kemahasiswaan dan Alumni.

Di Fakultas Syariah terdapat tiga Jurusan dan Lima Program Studi. Pertama Jurusan Ilmu-Ilmu Syariah yang membawahi Program Studi Al-Ahwal al-Syakhshiyyah (AS)/Hukum Keluarga Islam (HKI) dan Perbandingan Madzhab (PM). Kedua, Jurusan Muamalah yang membawahi Prodi Hukum Ekonomi Syariah (HES). ketiga , Jurusan Pidana dan Politik Islam yang membawahi Prodi Hukum Tatanegara (Siyasah).