1. Menghasilkan lulusan yang unggul, profesional, dan berakhlak mulia yang dapat mengembangkan dan menerapkan ilmu di bidang syari’ah dan hukum.
2. Menghasilkan penelitian yang inovatif dan integratif untuk kemajuan ilmu syari’ah dan hukum.
3. Terlaksananya pengabdian dan pemberdayaan masyarakat secara transformatif berbasis nilai keislaman, lokalitas, dan keindonesiaan.
4. Terwujudnya jejaring dan terlaksananya kerjasama yang produktif dan kolaboratif.
5. Terwujudnya tata kelola fakultas secara profesional berstandar nasional dan internasional.

Lambang Universitas sebagaimana dimaksud memiliki 8 (delapan) unsur pokok pembentukannya dengan makna sebagai berikut :

1. Buku yang terbuka, melambangkan keilmuan yang istiqamah dan pengamalannya melalui Universitas Islam Negeri Prof. K.H. Saifuddin Zuhri; karenanya atas dasar keilmuan yang istiqamah inilah ditegakkannya huruf UIN.
2. Huruf tulisan UIN, sebagai tempat dan pondasi bagi proses pendidikan, sehingga tumbuh-kembang keilmuan dan keamalannya yang dilambangkan dengan gunungan kehidupan, meluas.
3. Gunungan, yang dibentuk dari dua Kudi (senjata khas Banyumas) kanan dan kiri, lambang keseimbangan ajang kehidupan manusia di dunia, berperan profetik dalam hablum minannas sekaligus hablum minallaah sehingga terbangun pribadi (khudi) mukmin; citraan Gunungan ini menyerupai bunga teratai sebagai lambang dari pendidikan budi pekerti Ki Hajar Dewantara dengan tiga pilarnya, ing ngarsa sung tulada, ing madya mangun karsa, tutwuri handayani; citraan gunungan ini juga menyerupai kubah masjid sebagai representasi dari masjid,  pusat kehidupan berbudaya dan beragama umat Islam. Dalam simbol gunungan tergambar metafor kata Alloh yang mengandung makna bahwa UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri selalu mengharapkan  ridlo Alloh, sekaligus mejadi tujuan semua bentuk pengabdian. Di dalam gunungan juga dapat dibaca dalam metofor lillah sebagai simbol adanya gerak ikhlas (lillahi, semata karena Alloh SWT). Gunungan dalam realitas-empiriknya sebagai simbolisasi dari  gunung.  Dalam konteks UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri, gunung yang dimaksud adalah gunung Slamet yang berada di sebelah utara kota Purwokerto. Secara geografis, kaki gunung Slamet berada di beberapa kabupaten di wilayah Banyumas Raya sebagai simbol pengikat sosio-kultural-geografis kawasan penginyongan. Gunung Slamet dengan berbagai sumber daya yang ada menjadi simbolisasi integrasi keilmuan “Jabalul Hikmah”.
4. Sayap Kanan, terdiri dari 3 akar bulu melambangkan Islam, Iman, Ihsan; dan 5 helai bulu melambangkan pengamalan Rukun Islam. Sayap Kiri, terdiri dari 3 akar bulu melambangkan dzikir/iman, fikir/ilmu, dan amal sholih/akhlak. Dzikir sebagai aktifitas penguatan spiritualitas; fikir sebagai aktifitas intelektual-ilmiah-akademik; dan amal shalih sebagai spirit produktifitas berkarya prestatif; dan 5 helai bulu melambangkan pengamalan Pancasila dalam hidup berbangsa dan bernegara di Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI). Sayap kanan dan kiri sebagai kesatuan. Kedua sayap terbuka dan mengepak dengan penuh kekuatan melambangkan bahwa UIN SAIZU akan terus  terbang mengangkasa, selalu menjaga spirit untuk berkembang dan raih prestasi sehingga unggul dan mendunia.
5. Bulatan Hitam di tengah Gunungan yaitu magma melambangkan gerak kehidupan profetik tiada akhir (rahmatan lil ‘alamiin), yang mengintegrasikan semua unsur pendukungnya tersebut demi Pribadi Mukmin mengabdi kepada Allah SWT melalui shalat. Magma sebagai simbol gerak profetik tanpa henti (continuous improvement) yang sesekali mengeluarkan letupan merupakan desain Allah membangun kesimbangan bumi. Di samping itu letupan-letupan yang bersumber dari magma memberikan manfaat kesuburan. Simbol bulat menggambarkan kebulatan niat dan tekad. Satu titik di tengah bermakna titik fokus, arah yang jelas. Simbol magma bulat yang menggambarkan gerak apapun harus dengan tekad yang bulat menuju keridlaan Alloh dan lillah.
6. Lingkaran besar yang melingkari seluruh simbol, menggambarkan adanya kesatuan, keutuhan, dan kebersamaan dalam satu komitmen yang bulat untuk mencapai visi, misi, dan tujuan universitas.
7. K.H. Saifuddin Zuhri sebagai nama Universitas. Nama Prof. K.H. Saifuddin Zuhri dipilih sebagai nama Universitas dengan pertimbangan: a) ulama dan tokoh nasional putra asli daerah Banyumas (kelahiran Sokaraja); b) salah satu inisiator berdirinya Fakultas Tarbiyah Al-Djami’ah Sunan Kalijaga Purwokerto sebagai embrio awal lahirnya Universitas; c) Menteri Agama RI yang menandatangani piagam penegerian Fakultas Tarbiyah Al-Djami’ah Sunan Kalijaga Purwokerto menjadi bagian dari Institut Agama Islam Al-Djami’ah Al-Islamiyyah Al-Hukumiyah Yogyakarta.
8. Citraan Orang yang Sedang Bersujud, bersajadah buku menghadap ke depan merupakan gambaran utuh dari imajinasi kita ketika menyaksikan panorama dari semua unsur tersebut sebagai satu kesatuan; sekaligus menggambarkan adanya ketundukan dan ketaatan kepada sang pencipta melalui totalitas pengabdian kepada Allah SWT.

Warna lambang Universitas terdiri dari:

1. Putih, menggambarkan kebersihan, kesucian, kebebasan, suasana tenang, jernih.
2. Hijau, menggambarkan kesuburan, kedamaian, keseimbangan.
3. Hitam, menggambarkan sikap elegan, kesederhanaan, keteguhan, ketenangan, keanggunan, dan perlindungan.
4. Emas, berarti keunggulan, kualitas, prestasi, kesuksesan, kemenangan, kesejahteraan