Fakultas Syari’ah merupakan salah satu fakultas yang dimiliki UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri Purwokerto, di samping Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan, Fakultas Dakwah, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, serta Fakultas Ushuluddin, Adab, dan Humaniora. Secara historis, berdirinya UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri Purwokerto didahului serangkaian perkembangan dan perubahan nama institusi. Jauh sebelum menjadi STAIN Purwokerto, institusi ini pada mulanya merupakan Fakultas Tarbiyah Al-Djami’ah Sunan Kalijaga yang didirikan oleh Badan Wakaf Al-Djami’ah Sunan Kalijaga pada tanggal 10 Nopember 1962 dan diaktenotariskan pada tanggal 12 Desember 1962. Kemudian, dengan Keputusan Menteri Agama Nomor 68 Tahun 1964 Tanggal 9 September 1964 Fakultas tersebut dinegerikan dan menginduk kepada IAIN Al- Djami’ah Al-Hukumiyah, yang kemudian hari berubah namanya menjadi IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Selanjutnya, atas dasar pertimbangan geografis dan efisiensi pembinaan teknis kewilayahan, berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 385 Tahun 1993, Nomor 394 Tahun 1993, dan Nomor 408 Tahun 1993, Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta di Purwokerto dilimpahkan dari IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta kepada IAIN Walisongo Semarang. Adapun serah terima pengindukan Fakultas Tarbiyah di Purwokerto dari IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta kepada IAIN Walisongo Semarang dilaksanakan pada tanggal 13 Desember 1994. Sejak saat itu, Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Purwokerto berubah menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Purwokerto.
Kemudian, dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri tertanggal 21 Maret 1997, maka fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo di Purwokerto menjadi SEKOLAH TINGGI AGAMA ISLAM NEGERI (STAIN) PURWOKERTO, sebagai perguruan tinggi yang mandiri. Perubahan status ini memberi otonomi dan peluang yang besar untuk meningkatkan kualitas dan mengembangkan potensi yang dimiliki STAIN sesuai kebutuhan masyarakat dan potensi civitas akademika dengan cara membuka Fakultas dan Prodi baru. Setelah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri, Fakultas Tarbiyah yang telah ada sebelumnya berubah nama menjadi Jurusan Tarbiyah, dan kemudian STAIN Purwokerto membuka 2 Jurusan lagi yaitu Jurusan Syari’ah dan Jurusan Dakwah.
Jurusan Syari’ah dibuka di STAIN Purwokerto pada tahun 1997. Prodi yang pertama kali diselenggarakan di Jurusan Syari’ah adalah Prodi Ahwal Al-Syakhshiyah (A.S), ditetapkan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama R.I. Nomor DJ.11/119/2002 tertanggal 17 Juni 2002. Selanjutnya, dalam rangka pengembangan Prodi dan peningkatan kualitas Sumber Daya Manusia di bidang ilmu Agama Islam dan khususnya di bidang ilmu Hukum Islam, pada tahun 1998 di Jurusan Syari’ah dibuka Prodi Muamalah (sekarang Hukum Ekonomi Syari’ah) yang ditetapkan dengan Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor: E/115/1999 tertanggal 2 Juni 1999.
Kemudian, seiring dengan berkembangnya lembaga- lembaga keuangan syari’ah di Indonesia dan dalam upaya mencerdaskan kehidupan bangsa dan meningkatkan kualitas sumber daya manusia Indonesia khususnya dalam bidang ilmu Ekonomi Islam, pada Tahun Akademik 2005/2006 Jurusan Syari’ah membuka membuka Konsentrasi Manajemen Perbankan Syari’ah (MPS) di bawah naungan Prodi Muamalah. Kebijakan tersebut tertuang dalam SK Ketua STAIN Purwokerto Nomor 131 A tahun 2005. Selanjutnya, Konsentrasi Manajemen Perbankan Syariah (MPS) tersebut sejak Tahun Akademik 2007/2008 beralih menjadi Prodi Ekonomi Islam (sekarang Ekonomi Syari’ah) yang ditetapkan dengan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama R.I. Nomor Dj. I/220.C/2007 tertanggal 28 Mei 2007. Pada tahun 2007, Jurusan Syari’ah STAIN Purwokerto juga mendapatkan izin penyelenggaraan Program Diploma Tiga (D.III) Manajemen Perbankan Syari’ah yang ditetapkan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama R.I. Nomor Dj. I/178/2007 tertanggal 20 April 2007. Dengan demikian, Jurusan Syari’ah STAIN Purwokerto memiliki Prodi Ahwal Al-Syakhshiyah (A.S.), Prodi Hukum Ekonomi Syari’ah (H.E.S.), Prodi Ekonomi Syari’ah (E.S.), dan Program Diploma Tiga (D.III) Manajemen Perbankan Syariah (M.P.S.). Masuknya Prodi Ekonomi Islam dan Perbankan Syari’ah di jurusan Syari’ah kemudian membawa perubahan nama bagi jurusan, yang semula bernama Jurusan Syari’ah menjadi Jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam.
Sebagai ajang intellectual exercise, APIS (Asosiasi Peminat Ilmu Syari’ah) bekerjasama dengan Jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam STAIN Purwokerto menerbitkan Jurnal al-Manahij pada tahun 2007. Jurnal ini memfokuskan pada kajian hukum Islam dalam berbagai sudut pandang keilmuan. Jurnal al-Manahij terakreditasi B dengan SK Dirjen DIKTI No. 64 a/DIKTI/Kep/2010. Tahun 2013, Jurnal al-Manahij kembali terakreditasi dengan SK Dirjen DIKTI Kemendikbud RI Nomor: 040/P/2014. Era baru perkembangan Jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam lahir dengan dikeluarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 139 Tahun 2014 Tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Purwokerto Menjadi Institut Agama Islam Negeri Purwokerto.
Perubahan kelembagaan dari jurusan menjadi fakultas juga berdampak pada struktur pimpinan dan kelembagaan di Fakultas Syari’ah. Di level pimpinan, Fakultas Syari’ah dipimpin oleh Dekan, Wakil Dekan I, II, III, Ketua Jurusan, Sekretaris Jurusan, dan Ketua Prodi. bidang pengelolaan tata administrasi, Fakultas Syariah memiliki seorang Kepala Bagian (Kabag) TU.
Sesuai dengan PMA No. 25 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri Purwokerto, struktur jurusan dan program studi di Fakultas Syari’ah sejak tahun akademik 2021/2022 ada perubahan, yaitu Jurusan Ilmu-Ilmu Syari’ah (IIS) yang membawahi Koordinator Prodi Hukum Keluarga Islam (HKI) dan Koordinator Prodi Perbandingan Maszhab (PM), serta Jurusan Hukum Ekonomi dan Kenegaraan yang membawahi Koordinator Prodi Hukum Ekonomi Syariah dan Koordinator Prodi Hukum Tata Negara, serta Kepala Laboratorium Fakultas. Seluruh program studi telah terakreditasi Badan Perguruan Tinggi (BAN-PT) sebagai berikut:
- Prodi Hukum Keluarga Islam mendapatkan peringkat A melalui SK BAN-PT No. 1194/SK/BAN- PT/ Ak-PNB/S/II/2022 yang berlaku hingga September 2025.
- Prodi Hukum Ekonomi Syari’ah mendapatkan peringkat A melalui SK BAN-PT No. 1995/ SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/III/2022 yang berlaku hingga Maret 2026.
- Prodi Perbandingan Mazhab mendapatkan peringkat B melalui SK BAN-PT No. 1271/SK/BAN-PT/Ak-PNB/S/II/2022 yang berlaku hingga April 2024.
- Prodi Hukum Tata Negara Islam mendapatkan peringkat B melalui SK BAN-PT No. 1218/SK/BAN-PT/Ak-PNB/ S/2/2022 yang berlaku hingga Mei 2024.